1
TÍTULO: A toolbox of machine learning software to support microbiome analysis  Full Text
AUTORES: Marcos Zambrano, Laura Judith; Lopez Molina, Victor Manuel; Bakir Gungor, Burcu; Frohme, Marcus; Karaduzovic Hadziabdic, Kanita; Klammsteiner, Thomas; Ibrahimi, Eliana; Lahti, Leo; Loncar Turukalo, Tatjana; Dhamo, Xhilda; Simeon, Andrea; Nechyporenko, Alina; Pio, Gianvito; Przymus, Piotr; Sampri, Alexia; Trajkovik, Vladimir; Lacruz Pleguezuelos, Blanca; Aasmets, Oliver; Araujo, Ricardo; Anagnostopoulos, Ioannis; Aydemir, Oender; Berland, Magali; Calle, M. Luz; Ceci, Michelangelo; Duman, Hatice; Guendogdu, Aycan; Havulinna, Aki S.; Kaka Bra, Kardokh Hama Najib; Kalluci, Eglantina; Karav, Sercan; Lode, Daniel; Lopes, Marta B. ; May, Patrick; Nap, Bram; Nedyalkova, Miroslava; Paciencia, Ines; Pasic, Lejla; Pujolassos, Meritxell; Shigdel, Rajesh; Susin, Antonio; Thiele, Ines; Truica, Ciprian Octavian; Wilmes, Paul; Yilmaz, Ercument; Yousef, Malik; Claesson, Marcus Joakim; Truu, Jaak; Carrillo de Santa Pau, Enrique; ...Mais
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, VOLUME: 14
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2
TÍTULO: Advancing microbiome research with machine learning: key findings from the ML4Microbiome COST action  Full Text
AUTORES: Domenica D’Elia; Jaak Truu; Leo Lahti; Magali Berland; Georgios Papoutsoglou; Michelangelo Ceci; Aldert Zomer; Marta Lopes ; Eliana Ibrahimi; Aleksandra Gruca; Alina Nechyporenko; Marcus Frohme; Thomas Klammsteiner; Enrique Carrillo-de Santa Pau; Laura Judith Marcos Zambrano; Karel Hron; Gianvito Pio; Andrea Simeon; Ramona Suharoschi; Isabel Moreno Indias; Andriy Temko; Miroslava Nedyalkova; Elena-Simona Apostol; Ciprian-Octavian Truică; Rajesh Shigdel; Jasminka Hasić Telalović; Erik Bongcam Rudloff; Piotr Przymus; Naida Babić Jordamović; Laurent Falquet; Sonia Tarazona; Alexia Sampri; Gaetano Isola; David Pérez Serrano; Vladimir Trajkovik; Lubos Klucar; Tatjana Loncar Turukalo; Aki Havulinna; Christian Jansen; Randi Bertelsen; Marcus Joakim Claesson; ...Mais
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: Frontiers in Microbiology, VOLUME: 14
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3
TÍTULO: Causal Graph Discovery for Explainable Insights on Marine Biotoxin Shellfish Contamination
AUTORES: Diogo Ribeiro; Filipe Ferraz; Marta Lopes ; Susana Rodrigues; Pedro Reis Costa; Susana Vinga; Alexandra Carvalho;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: 24th International Conference on Intelligent Data Engineering and Automated Learning, IDEAL 2023 in Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), VOLUME: 14404 LNCS
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4
TÍTULO: Disclosing transcriptomics network-based signatures of glioma heterogeneity using sparse methods  Full Text
AUTORES: Martins, Sofia; Coletti, Roberta ; Lopes, Marta B. ;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: BIODATA MINING, VOLUME: 16, NÚMERO: 1
INDEXADO EM: Scopus WOS CrossRef: 1
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5
TÍTULO: Evaluating the Causal Role of Environmental Data in Shellfish Biotoxin Contamination on the Portuguese Coast
AUTORES: Ana Rita Baião; Carolina Peixoto; Marta Lopes ; Pedro Reis Costa; Alexandra Carvalho; Susana Vinga;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: 22nd EPIA Conference on Artificial Intelligence, EPIA 2023 in Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), VOLUME: 14116 LNAI
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6
TÍTULO: Identification of biomarkers predictive of metastasis development in early-stage colorectal cancer using network-based regularization  Full Text
AUTORES: Peixoto, Carolina; Lopes, Marta B. ; Martins, Marta; Casimiro, Sandra; Sobral, Daniel; Grosso, Ana Rita; Abreu, Catarina; Macedo, Daniela; Costa, Ana Lucia; Pais, Helena; Alvim, Cecilia; Mansinho, Andre; Filipe, Pedro; Costa, Pedro Marques da; Fernandes, Afonso; Borralho, Paula; Ferreira, Cristina; Malaquias, Joao; Quintela, Antonio; Kaplan, Shannon; Golkaram, Mahdi; Salmans, Michael; Khan, Nafeesa; Vijayaraghavan, Raakhee; Zhang, Shile; Pawlowski, Traci; Godsey, Jim; So, Alex; Liu, Li; Costa, Luis; Vinga, Susana; ...Mais
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: BMC BIOINFORMATICS, VOLUME: 24, NÚMERO: 1
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TÍTULO: Machine learning approaches in microbiome research: challenges and best practices  Full Text
AUTORES: Papoutsoglou, Georgios; Tarazona, Sonia; Lopes, Marta B. ; Klammsteiner, Thomas; Ibrahimi, Eliana; Eckenberger, Julia; Novielli, Pierfrancesco; Tonda, Alberto; Simeon, Andrea; Shigdel, Rajesh; Bereux, Stephane; Vitali, Giacomo; Tangaro, Sabina; Lahti, Leo; Temko, Andriy; Claesson, Marcus J.; Berland, Magali;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, VOLUME: 14
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TÍTULO: Multi-omics Data Integration and Network Inference for Biomarker Discovery in Glioma
AUTORES: Coletti, Roberta ; Lopes, Marta B. ;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: 22nd EPIA Conference on Artificial Intelligence (EPIA) in PROGRESS IN ARTIFICIAL INTELLIGENCE, EPIA 2023, PT II, VOLUME: 14116
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9
TÍTULO: Overview of data preprocessing for machine learning applications in human microbiome research  Full Text
AUTORES: Ibrahimi, Eliana; Lopes, Marta B. ; Dhamo, Xhilda; Simeon, Andrea; Shigdel, Rajesh; Hron, Karel; Stres, Blaz; D'Elia, Domenica; Berland, Magali; Marcos Zambrano, Laura Judith;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, VOLUME: 14
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10
TÍTULO: Regularized Generalized Linear Models to Disclose Host-Microbiome Associations in Colorectal Cancer
AUTORES: Eliana Ibrahimi; Mina Norouzirad ; Melisa Meto; Marta B Lopes ;
PUBLICAÇÃO: 2023, FONTE: ACM International Conference Proceeding Series
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